NetBeansで、別のエディタで編集したファイルが含まれたパッケージが存在すると「windows-31jでは正しく開けません」が表示されることがあります。

ご察しの通り、charcodeが問題です。

これを解決するにはNetBeansのコンフィグファイルを変更する必要があります。

1. NetBeansが起動していたら終了する。
2. netbeans.conf　をテキストエディタで編集する。
   netbeans_default_optionsに　-J-Dfile.encoding=UTF-8　を追加。
   変更前
   netbeans_default_options=”～　-J-Dsun.zip.disableMemoryMapping=true”
   変更後
   netbeans_default_options=”～　-J-Dsun.zip.disableMemoryMapping=true -J -Dfile.encoding=UTF-8“
3. NetBeansを起動する。