ATOMでプロキシ設定はWindowsコンソールから
apm config set https-proxy http://プロキシサーバ:10080
を実行すればOKのはずで、
日本語化パッケージを入れるには
Files > Setting > Installにて「japanese-menu」を指定すればよいはず。

しかし「failed connect ETIMEDOUT」というエラーが出て、サーバに接続できない。

そこでいろいろと試行錯誤。
まずはプロキシサーバを手動で設定。
c:\ユーザー\ログインユーザ\.atom\.apmrcを編集。
https-proxy = http://プロキシサーバ:10080
proxy = http://プロキシサーバ:10080
strict-ssl = false

やっぱりNGでstrict-sslをtrueにしても同様。

で最終的にはATOMからのインストールではなく、コマンドラインから実行。
C:\Windows\system32> apm install japanese-menu
Installing japanese-menu to C:\Users\ログインユーザ\.atom\packages done

これで見事にインストールできました。

ATOMのバージョンは「1.40.1 x64」です。